Evolusi pada kuda merupakan suatu contoh klasik evolusi morfologi, yang sejarahnya ditelusuri dari catatan fosilnya sejak zaman Eosin (Eocene) di Amerika Utara dan sedikit dari Eropa dan Asia. Fosil kuda termasuk cukup lengkap, karena kuda hidup berkelompok dalam jumlah yang cukup besar, sehingga meninggalkan sejumlah besar fosil dari zaman ke zaman. Kuda termasuk ke dalam ordo yang dikenal sebagai Perissodactyla, atau "hewan berkuku ganjil", yang semua anggotanya memiliki kaki berkuku serta jumlah jari yang ganjil pada tiap kakinya, selain juga bibir atas yang mudah bergerak dan struktur gigi yang serupa. Moyang awal kuda modern berjalan dengan jari kaki yang melebar keluar, yang memudahkan mereka untuk berjalan di atas hamparan tanah yang lembut dan lembap di hutan purba.
Ketika spesies rumput mulai muncul dan berkembang, para equid mulai berganti makanan dari dedaunan menjadi rerumputan, yang berujung pada gigi yang lebih kuat dan lebih awet. Pada saat yang sama, seiring mulai munculnya stepa, para pendahulu kuda pun perlu memiliki kecepatan yang yang lebih tinggi untuk melarikan diri dari pemangsa. Ini diperoleh melalui pemanjangan anggota gerak dan terangkatnya beberapa jari dari tanah dalam suatu cara yang mengakibatkan berat tubuh secara perlahan dipindahkan kepada jari terkuat, yaitu jari ketiga.
Fosil kuda tertua yang dikenal yakni Hyracotherium (Eohippus).
A. Hyracotherium (Eohippus)
Fosil hyracotherium yang ditemukan di Eropa pada abad ke-18, oleh Richard Owen yang diberi nama dengan Hyracoterium yang berarti “binatang seperti hyrax”. Hyracotherium telah ada sekitar 52 juta tahun lalu dan telah tinggal di benua Amerika Utara. Hewan ini berukuran sebesar kancil atau anjing dan tingginya hanya sekitar 30 cm. Memiliki kepala dan leher dan tulang belakang lengkungan berbentuk tangguh yang relatif singkat. Diperkirakan kuda primitif ini memakan semak belukar apabila ditinjau dari struktur giginya. Giginya yang berjumlah 22 pasang dengan tiga gigi pada setiap sisi gigi seri, satu taring, empat gigi premolar, dan dengan tiga gigi geraham yang hanya terspesialisasi sedikit untuk menggiling makanan. Kaki depannya terdiri dari empat jari dan satu rudimen, sedangkan kaki belakangnya mempunyai tiga jari dan dua jari rudimen.
Hyracotherium juga memiliki otak kecil, ada juga lobus frontal kecil. Evolusi sudah mulai berjalan, lengan dan kaki lebih panjang secara proporsional dengan tubuh sebagai kuda saat ini. Namun, beberapa dari tulang kaki tidak stabil dan tidak memiliki fleksibilitas. Kaki, ada lima jari satu per masing-masing, empat anggota tubuh depan, kaki belakang dibuat untuk tiga jari dan jari-jari kelima pertama yang merosot dalam perjalanan evolusi. Kuku kaki tidak seperti anjing, dan dilengkapi dengan kuku kecil
B. Mesohippus
Pada Zaman Oligosen sekitar 40 juta tahun silam, Hyracotherium mengalami kepunahan. Akan tetapi, mamalia ini telah menurunkan keturunannya yang dinamakan Mesohippus. Mesohippus berukuran lebih besar daripada Hyracotherium. Struktur tubuh Mesohippus menunjukkan bahwa hewan ini telah beradaptasi dengan sangat baik untuk hidup di padang rumput, hal ini ditunjukkan dengan berkurangnya jumlah jari pada setiap kaki Mesohippus menjadi tiga jari di setiap kakinya. Jari tengahnya juga lebih besar daripada jari-jari lainnya. Selain itu, hewan ini juga memiliki kaki yang lebih kuat dan lincah dibandingkan dengan Hyracotherium. Hewan ini memiliki leher yang agak panjang. Pada mulutnya, ditemukan beberapa gigi pra-geraham yang hampir berkembang menjadi gigi geraham. Gigi seperti ini tentu akan meningkatkan kemampuannya untuk mengunyah makanan.
C. Miohippus
Masih pada zaman Oligosen, Miohippus (berarti "kuda kecil") adalah genus kuda prasejarah. Miohippus tinggal di Amerika Utara selama zaman Oligosen. Sementara generasi spesies ini hidup selama periode Miocene. Menurut Florida Museum of Natural History, diyakini Miohippus hidup pada Miocene namun pernyataan tersebut salah. Penelitian yang lebih baru memberikan bukti bahwa Miohippus sebenarnya hidup pada zaman Oligosen. Miohippus lebih besar dari Mesohippus dan memiliki tengkorak yang sedikit lebih panjang. Fosa wajah nya adalah lebih dalam dan lebih diperluas, dan sendi pergelangan kaki agak berbeda. Miohippus juga memiliki puncak ekstra variabel pada geraham atasnya, yang memberikan area permukaan yang lebih besar untuk mengunyah makanan ternak yang lebih ketat. Hal ini akan menjadi ciri khas dari gigi kuda selanjutnya.
D. Merrychippus
Pada pertengahan Zaman Miocene sekitar 25 juta tahun yang lalu, Hidup sejenis kuda yang disebut Merychippus. Spesies kuda ini diperkirakan merupakan keturunan dari Mesohippus. Seperti nenek moyangnya, Merychippus masih memiliki leher yang agak panjang yang khas. Diduga, leher panjang ini berfungsi sebagai alat bantu saat ia merumput, sehingga ia bisa merumput dengan tenang dengan posisi berdiri. Merychippus memiliki tiga jari pada kaki belakangnya, dan empat jari pada kaki depannya. Kaki Merychippus berkembang menjadi kaki yang panjang, agak berbeda dangan kaki yang dimiliki kuda zaman sekarang. Sekarang, Merychippus telah punah. Penyebab kepunahannya diperkirakan akibat perubahan iklim besar-besaran yang mengakibatkan terjadinya zaman es.
E. Pliohippus
Kemudian sekitar 10 juta tahun yang lalu, semasa jaman Pliocene kuda berkembang menjadi Pliohippus. Leluhur kuda jenis ini mempunyai satu jari atau satu tracak pada tiap kakinya. Pliohippus merupakan hewan monodaktil (hewan bertracak tunggal) sejati yang pertama dalam sejarah evolusi .
F. Equus caballus
Akhirnya sekitar 2 juta tahun yang lalu, kuda seperti yang kita kenal sekarang yaitu Equus caballus, muncul sebagai makhluk yang lebih besar. Namun sekitar 8 ribu tahun yang lalu, spesies Equus ini punah di daratan Amerika Serikat dan tidak muncul lagi sampai orang-orang Spanyol membawa kuda masuk ke benua Amerika pada tahun 1400-an
Jari-jemari pada nenek moyangnya telah berkurang jumlahnya sampai tinggal satu jari di setiap kakinya yang telah dilindungi oleh kuku yang sangat keras dan telah termodifikasi. Struktur kaki kuda zaman sekarangpun telah beradaptasi bukan hanya untuk hidup di padang rumput tetapi juga untuk berlari dengan cepat. Jenis kaki ini membuat kuda dapat berlari dengan sangat cepat tanpa khawatir akan resiko terkilir.
Gambar Evolusi Kuda Menurut Zamannya
Gambar diatas dapat dijelaskan bahwa terdapat perubahan dan perkembangan yang mengarah pada evolusi bentuk dan fungsi antara lain:
- Tubuh bertambah besar;
- Kepala bagian depan semakin panjang;
- Leher semakin panjang sehingga gerakannya semakin bebas;
- Perubahan geraham depan dan geraham besar sehingga sangat sesuai untuk makanan yang berupa rumput;
- Anggota tubuh yang lain semakin bertambah panjang, sehingga sesuai dengan gerakan untuk berlari cepat;
- Jari kaki mereduksi dari lima menjadi satu, sehingga dapat mendukung gerakan ketika berlari cepat